Отряд Мстителей под руководством Капитана Америки оказывается в центре громкого события, после которого правительство больше не может стоять в стороне и решает начать контролировать людей, отличающихся суперспособностями. Теперь введен новый «Акт о регистрации супергероев», вынуждающий особенных людей перестать скрываться и начать работать на правительство.
Капитан Америка категорически против такого нововведения и видит в нем нарушение гражданских прав. Он начинает яро сопротивляться этому вместе с частью команды супергероев, поддерживающих его сторону. Тем временем, железный человек видит лишь хорошее в новом режиме. Теперь он – лидер второй группы, в которую входят поддерживающие его супергерои.
Это противостояние приводит к настоящей гражданской войне, отвлекая всех от настоящей проблемы, ради которой нужно объединиться.