Целых два года прошло с тех пор, как Джеймс узнал о своем прошлом. Парню удалось выяснить много интересного о своей прежней жизни. Оказывается, он был лучшим агентом ЦРУ, но так произошло, что во время очередного задания мужчина убивает своего коллегу. С этого момента все спецслужбы Штатов объявляют его вне закона.
Пытаясь найти ответы на вопросы из собственной жизни, ему удается скрыться от преследователей. Сейчас он живет мирной жизнью в Индии с той самой девушкой, которая два года назад помогла ему. Джеймс собирается сделать предложение своей подруге, но этому не суждено сбыться.
Во время очередного расследования в Берлине, ЦРУ узнает о местонахождении Борна и отправляет на его поимку одного из своих лучших агентов. Парень выслеживает цель, но по ошибке убивает не Борна, а его возлюбленную. Такого герой простить не может. Он выходит из тени, чтобы вновь ввязаться в правительственные игры и наказать каждого, кто стоит за смертью Марии. В ходе своего нового расследования, бывший агент узнает новые тайны, которые так сильно скрывает ЦРУ. Эта информация сможет вывести на чистую воду всех влиятельных людей США, а также самого директора ЦРУ.