После начала массированной атаки клонов прошло 3 года, за это время многое изменилось. Расстановка сил в галактике сменилась – республика неумолимо теряет позиции и совсем скоро ей придет конец. Империя под своим натиском завоевывает все большие планеты и становится самым могущественным диктатором в галактике.
Судьба джедаев тоже сложилась не самым удачным образом. Часть героев была убита в жесткой схватке с клонами, а часть перешла на темную сторону. Энекен предал своих друзей и, манимый темными силами, стал Дартом Вейдером – самым могущественным воином империи, ее генералом. Принцесса Падме после долгих мучений обрела покой, но длится он не долго, ведь враги преследуют повсюду. Единственная радость в ее жизни, это то, что она забеременела и совсем скоро на свет появится ребенок.
Джедаи продолжают оказывать сопротивление Империи совместно с небольшой группой повстанцев, но силы сторон так сильно различны, что их атаки не приносят желаемого результата, а лишь оттягивают неизбежную кончину. Война клонов близится к концу, и с завершением оной галактика окончательно изменится. Но как бы сейчас плохо не было, ни джедаи, ни принцесса Падме, ни ополченцы сдаваться не собираются и продолжают держать оборону, надеясь на лучшее.