Действия фильма происходят во времена Второй мировой войны. За несколько месяцев до капитуляции Германии, солдаты союзников осуществляют нападение на секретный объект. Им оказывается лаборатория, основанная немцами в Англии. Пробравшись вовнутрь, герои понимают, что в этих местах происходили ритуалы, которыми призывали на помощь фашисты темные силы.
Один из результатов такого эксперимента стал ребенок с красной кожей и рожками. Солдаты из Америки не понимают, как правильно с ним поступить, поэтому берут его с собой и отдают в ФБР. С этого времени Хеллобой стал воспитываться под присмотром огромного числа ученых и различных профессоров.
Когда это существо выросло, то стало одним из агентов бюро. Ему достаются необычные преступления. Он сталкивается исключительно со сверхъестественными явлениями. Среди них можно выделить оживление мертвецов, монстров из параллельных миров, злодеев, стремящихся поработить весь мир.
Хеллбой просто незаменимый специалист. Он с легкостью выполняет все поставленные перед ним задачи. Обычному же человеку это сделать будет практически невозможно. Каждый день начальство посвящает своего сотрудника в новое задание, с которым он должен будет разобраться.